법무법인(유) 화우

기획재정부가 2025. 7. 31. 2025년 세법 개정안을 발표하였습니다. 이번 개정안은 14일 간의 입법예고 및 2025. 8. 국무회의를 거쳐 올해 9월 정기국회에 제출되고, 구체적인 내용을 담은 세법 시행령 개정안도 곧 마련될 예정입니다.

이번 개정안은 우리나라가 경제강국으로 도약할 수 있도록 뒷받침하고 민생 안정에 기여하는 한편 세입 기반을 확대하고 조세제도를 보다 합리적으로 개선하는 것을 주요 목표로 하고 있고, 이를 달성하기 위하여 미래전략산업 지원 강화, 자본시장 활성화 및 벤처투자 세제지원 강화, 납세자 권익보장 및 편의 제고, 응능부담원칙에 따른 세부담 정상화, 글로벌최저한세 관련 내국추가세 도입, 조세탈루 방지 및 징수 효율화 등을 주요 골자로 하여 세부 개정안이 마련되었습니다.  이번 개정안의 주요 내용 및 시사점을 소개하여 드립니다.

1. 미래전략산업 지원 강화

2. 자본시장 활성화 및 벤처투자 세제지원 강화

3. 지역성장 지원

4. 납세자 권익보장 및 편의 제고

5. 응능부담원칙에 따른 세부담 정상화

6. 글로벌최저한세 관련 내국추가세 도입

7. 조세탈루 방지 및 징수 효율화

8. 기타

1. 미래전략산업 지원 강화

가. 개정 내용

□ 국가전략기술 세부기술 및 사업화시설의 대상을 다음과 같이 신설하고 확대함 (조세특례제한법 시행령 별표 제7의2, 같은법 시행규칙 별표6의2 개정).

• 세부기술: (신설) 생성형 인공지능, 에이전트 인공지능, 학습 및 추론 고도화, 저전력ㆍ고효율 인공지능 컴퓨팅, 인간 중심 인공지능, 인공지능형 자율운항, 탑승자 인지 및 인터페이스 (총7개) (확대) 주행상황 인지 센서ㆍ소프트웨어에 센서, 소프트웨어 단독도 적용, 주행지능정보처리 통합시스템에 핵심부품 인정을 위한 범위 확대 (총2개)
• 사업화시설: (신설) 국가전략기술급 인공지능의 서비스를 위한 테이터센터, 인공지능형 자율운항 기술 관련 설비 제작ㆍ실증 시설, 주행지능정보처리 통합시스템 기술 관련 사업화시설(총3개)

□ 통합고용세액공제를 다음과 같이 개편함(조세특례제한법 제29조의8, 같은법 시행령 제26조의8 개정).

• 최소 고용 증가 인원수 초과분에 대해서만 공제액을 산정함
• 고용 유지시 더 높은 공제혜택을 부여하는 방식으로 사후관리를 전환하여, 공제액 상당분을 추징하는 규정을 삭제하고 고용 증가분 중 감소분에 한정하여 공제를 배제함
• 중견ㆍ대기업의 경우 최소 고용 증가 인원 수(중견기업:5명, 대기업:10명)를 설정함
• 단시간 근로자의 상시근로자 판단 기준 및 계산 방법을 간소화 함
• 청년 여부에 대한 판단 시점을 ‘근로 계약 체결 당시’로 변경함
• 육아휴직 복귀자 추가공제 적용기한을 2026년 12월 31일까지로 연장함

□ 해외진출기업의 국내 복귀 세제지원(조세특례제한법 시행령 제104조의21 개정)

• 부분복귀하는 해외진출기업에 대한 소득세ㆍ법인세ㆍ관세 감면을 확대하고, 부분복귀하는 해외진출 기업에 대한 감면대상소득 산식을 추가하고, 부분복귀 후 축소 완료하지 않은 경우 추징 규정을 신설함

□ 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자시 과세 특례 제도를 신설함(조세특례제한법 제38조의3, 조세특례제한법 시행령 제35조의5 개정).

• 개요: 내국법인이 외국자회사 주식등을 외국법인에 현물출자함으로써 발생한 양도차익을 4년 거치 3년 분할 익금산입함

• 출자법인이란 5년 이상 계속 사업을 한 내국법인이며, 피출자 외국법인은 출자법인이 80% 이상 지분을 보유하는 법인임
• 출자자산은 출자법인이 20% 이상 지분율 보유하고 있는 외국자회사의 주식 또는 출자 지분을 의미함
• 사후관리 규정(출자법인이 현물출자로 취득한 주식등을 처분 등)이 적용됨

나.  시사점

□ 국가전략기술 세부기술 및 사업화시설의 대상을 확대하여, 첨단 전략 산업 R&D 및 시설투자의 활성화를 기대할 수 있을 것으로 예상됨. 통합고용세액공제의 개편을 통해 장기고용 및 중견ㆍ대기업의 고용 증대 유인을 강화하고 납세협력비용을 경감할 수 있을 것으로 보임. 또한, 유턴기업에 대한 지원을 확대하고 해외사업 구조조정을 지원함으로써 국가경제의 안정적 성장에 기여할 수 있을 것으로 생각됨.

2. 자본시장 활성화 및 벤처투자 세제지원 강화

가.  개정 내용

□ 고배당기업에 대한 배당소득을 종합과세 대상에서 제외하여 분리과세함(조세특례제한법 제104조의27 신설).

• 적용 대상: 고배당 상장법인 주주(거주자). 고배당 상장법인이란 전년대비 현금배당이 감소하지 않은 법인 중 배당성향 40% 이상이거나, 배당성향 25% 이상이면서 직전 3년 평균 대비 5% 이상 배당 증가한 법인임
• 대상: 현금 배당액(중간ㆍ분기ㆍ결산배당 포함)
• 적용 세율: 3단계 누진세율(과세표준 기준 2천만원 이하:14%, 3억원 이하: 20%, 3억원 초과: 35%)

□ 투자ㆍ상생협력 촉진세제 관련, 환류해야 하는 기업소득의 비율을 상향(투자포함형: 65~85%내, 투자제외형: 20~40%내)하고, 환류대상 항목에 배당(해당 사업연도 중 지급한 금전배당)을 추가함 (조세특례제한법 제100조의32, 같은법 시행령 제100조의 32, 같은법 시행규칙 45조의10 개정).

□ 벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)를 통한 벤처투자 세제지원을 신설함.

• 벤처투자회사 등의 벤처기업 주식양도차익의 비과세 적용대상 및 내국법인의 벤처기업 등에 출자 세액공제 적용대상에 ‘벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)를 통한 간접출자분’을 추가함 (조세특례제한법 제13조 및 제13조의2 개정)
• 유동화전문회사 등에 대한 소득공제 적용대상에 ‘벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)’를 추가함(법인세법 제51조의2 개정)
• 벤처투자조합이 벤처투자조합의 투자목적회사(SPC)로 받는 배당소득에 대한 비과세 제도를 신설함(조세특례제한법 제14조 개정)
• 창업ㆍ벤처기업에 출자하여 취득한 주식의 증권거래세 면제대상에 ‘벤처투자조합의 투자목적 회사(SPC)’를 추가함(조세특례제한법 제16조 개정)

나. 시사점

□ 고배당기업에 대한 배당소득 분리과세를 도입함으로써 주식시장 활성화 촉진을 통해 경제 선순환을 도모할 수 있을 것으로 예상됨. 또한, 투자ㆍ상생협력 촉진세제 개편을 통해 기업의 배당 환류가 촉진되는 효과를 기대할 수 있으며 벤처투자 세제지원을 개편함으로써 투자목적회사를 통한 투자가 활성화될 것으로 기대됨.

3. 지역성장 지원

가.  개정 내용

□ 공장ㆍ본사를 수도권 밖으로 이전한 기업의 소득ㆍ법인세 감면 적용 대상 지역 및 감면 기간을 확대하는 한편, 감면 한도(투자누계액ｘ70% + 상시근로자수ｘ 1,500만원)를 신설하고 사후관리 규정(감면받은 후 2년 내 상시근로자 감소)을 도입함(조세특례제한법 제63조 및 제63조의2 개정, 같은법 시행령 제60조 및 제60조의2 개정).

□ 내국인ㆍ내국법인이 리츠에 토지ㆍ건물 현물출자시 양도세를 납부이연하고 법인세를 과세이연 할 수 있음(조세특례제한법 제97조의10 및 같은법 시행령 제97조의10 신설)

• 현물출자 기한: 프로젝트 부동산투자회사의 설립신고 수리일로부터 5년 이내
• 사후관리 규정: 리츠의 영업인가가 취소되거나 현물출자로 취득한 주식의 누적 처분비율에 따라 이연받은 세액이 추징됨

나. 시사점

□ 지방이전 기업 세제지원 제도를 개편함으로써 지역균형발전 지원의 목적을 이룰 수 있으며, 프로젝트 리츠에 대한 현물출자 과세특례를 신설함으로써 부동산 개발사업의 선진화를 기대할 수 있음.

4. 납세자 권익보장 및 편의 제고

가. 개정 내용

□ 지정납부기한 이후 납부지연가산세 산정방법을 개편함(국세기본법 제47조의4 및 제47조의5 개정).

• 법정납부기한부터 납부고지일까지의 기간의 경우, 매 1일(日) 경과시마다 미납세액에 0.022%를, 지정납부기한부터 납부일까지의 기간의 경우 매 1월(月) 경과시마다 미납세액의 0.67%를 적용함.
• 2026년 7월 1일 이후 지정납부기한이 도래하는 분부터 적용함

나. 시사점

□ 지정납부기한 이후 납부지연가산세 산정시 체납 이후 산출 단위를 변경함으로써 납세편의가 제고될 것으로 보임.

5. 응능부담원칙에 따른 세부담 정상화

가. 개정 내용

□ 법인세율을 상향 조정하여 환원함(과세표준 구간에 따라 10%~25% 적용) (법인세법 제55조 개정).

□ 증권거래세율의 탄력세율을 조정함(코스피:0.05%, 코스닥ㆍK-OTC: 0.2%) (증권거래세법 시행령 제5조 개정).

□ 주식 양도소득세 대주주의 판정기준 중 보유금액 기준을 10억원 이상으로 환원(소득세법 시행령 제157조 개정).

□ 교육세 과세표준 구간을 신설하고 세율을 인상함(수익금액 1조원 초과시 1.0%) (교육세법 제5조 개정).

□ 자본준비금 감액배당의 과세제외 범위를 대주주 등이 보유한 주식의 취득까지 포함하여 제외하도록 조정하여 최득가액 초과분은 배당소득세를 과세하도록 함(소득세법 시행령 제26조의3 개정).

나. 시사점

□ 법인세율을 환원하여 기업의 세부담이 증가할 것으로 예상되며 증권거래세율, 대주주 판정 기준 환원 및 교육세 세율 인상을 통해 과세형평이 제고될 것으로 기대됨.

6. 글로벌최저한세 관련 내국추가세 도입

가. 개정 내용

□ 내국추가세액의 계산 및 배분(국제조세조정에 관한 법률 제73조의2 신설).

• 다국적기업그룹의 국내 구성기업이 최저한세율(15%) 미만으로 과세시, 내국추가세액을 계산하고 이를 각 국내구성기업에 배분하여 과세하도록 함.
• 내국추가세액은 ‘[최저한세율(15%) – 국내구성기업들의 실효세율] ｘ 초과이익 + 당기추가세액 가산액’으로 산정함.
• 내국추가세액은 내국추가세액에 대한 기여도 등을 고려한 배분방식(법정배분) 또는 국내구성기업 간 합의에 따라 자율 배분하는 방식(지정배분) 중 선택하여 배분해야 함.

□ 무국적구성기업 중 우리나라에서 설립ㆍ등록된 투과기업 등의 경우 소재지국을 국내로 보아 내국추가세액을 계산하도록 함. 이 때, 실효세율 및 내국추가세액은 국내구성기업과는 별도의 단위로 계산함.

□ 내국추가세액배분액에 대해 다음의 규정을 준용함.

• 추가세액배분액의 신고 및 납부(국제조세조정에 관한 법률 제63조 및 제84조 개정)
• 추가세액배분액의 결정ㆍ경정ㆍ수시부과ㆍ통지ㆍ징수 (국제조세조정에 관한 법률 제85조 개정)
• 최소적용제외 특례(국제조세조정에 관한 법률 제74조 개정)
• 소수지분구성기업ㆍ공동기업에 대한 특례(국제조세조정에 관한 법률 제75조, 제77조 개정)
• 투자구성기업에 대한 특례(국제조세조정에 관한 법률 제79조 개정)
• 적용면제 특례(국제조세조정에 관한 법률 제80조 개정)

나. 시사점

□ 글로벌최저한세 제도 하 국내 저율과세 기업에 대한 과세권을 확보함으로써 국내 과세기반을 마련하는 효과를 얻을 수 있음.

7. 조세탈루 방지 및 징수 효율화

가. 개정 내용

□ 외국법인의 연락사무소 현황명세서 미제출ㆍ거짓제출시 최대 1,000만원을 부과하는 과태료 규정을 신설함(법인세법 제125조 신설).

나. 시사점

□ 외국법인의 연락사무소 현황명세서 제출의무 불이행에 대한 과태료를 신설하여 과세정보의 투명성을 확보하고 잠재적인 세원 누락 및 조세회피를 예방하는 데 기여하는 효과를 기대할 수 있음.

8. 기타

□ 법인세율 인상에 따라, 배당소득 이중과세 조정을 위한 배당가산율을 11%로 조정함 (소득세법 제17조 개정).

□ 중소ㆍ중견기업의 임시투자세액공제 적용 기한을 종료함(조세특례제한법 제24조 개정).

□ 연결납세 제도를 다음과 같이 보완함.

• 연결모법인의 가산세 항목에 업무용승용차 관련 비용 명세서 제출 불성실 가산세를 추가함(법인세법 제76조의21 개정).
• 연결납세 취소ㆍ배제시 결손금 사후관리에 대한 예외 규정을 신설하여, 공제받은 법인은 결손금에 대해 대가를 지급한 경우 익금산입에서 제외하고, 결손 법인은 결손금에 대해 대가를 지급받은 경우 손금산입에서 제외함(법인세법 제76조의9 및 제76조의12 개정).
• 연결법인이 적격합병한 경우 이월결손금, 자산처분손실 공제한도 관련 규정 및 구분경리 규정 관련, 연결자법인에 대한 규정을 보완함(법인세법 제76조의13, 제76조의14, 제113조 개정)
• 연결납세방식 적용 제외 법인의 대상에 성실신고확인대상 소규모 법인을 추가함(법인세법 시행령 제120조의12 개정)

□ 상품 등을 조건부ㆍ기한부 판매한 경우 그 손익귀속시기를 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 날 로 규정함(법인세법 시행령 제68조 및 소득세법 시행령 제48조 개정).

□ 중소기업 특별세액감면 적용 기한, 공장의 대도시 밖 이전에 대한 과세특례 적용기한, 법인 본사의 수도권과밀억제권역 밖 이전등에 대한 과세특례 적용기한을 2028.12.31. 까지로 연장함(조세특례제한법 제7조, 제60조, 제61조 개정).

□ 특수관계법인 외의 자에게 시가보다 높게 양도한 경우 실지거래가액 산정방법 관련, 법인세법에 따라 상여ㆍ배당 등으로 소득처분된 경우 실지거래가액을 ‘양도가액 – 소득처분금액’으로 산정하도록 함(소득세법 제96조 개정)

□ 글로벌최저한세 계산시 대상 조세 배분 대상 범위를 일정요건을 충족하는 구성기업이 아닌 기업에도 배분하는 것으로 확대하고, 배분대상 대상조세도 이러한 기업으로부터 받은 배당소득 등과 관련한 세금을 포함하도록 함(국제조세조정에 관한 법률 제67조 개정).

나. 시사점

□ 연결납세 제도를 보완하여 해당 제도가 합리적으로 적용될 수 있도록 보완되었으며, 조건부ㆍ기한부로 상품을 판매하는 경우 손익귀속시기를 명확화하여 납세자들의 편의가 제고되는 효과를 기대할 수 있음. 한편, 기존 제도의 적용기한의 연장으로 대상 법인의 세부담이 경감되고 지역균형발전을 도모하는데 기여할 것으로  보임. 또한 글로벌최저한세 계산시 대상조세 배분 방식을 보완하여 OECD 글로벌최저한세 행정지침이 충실히 반영되었음을 확인할 수 있음.

법무법인(유한) 화우의 조세 그룹은 조세 자문, 쟁송 분야에서 국내 최고 수준의 원스톱 토탈 서비스(One-Stop Total Service)를 제공하고 있습니다. 화우 조세 그룹은 M&A, 기업구조조정, 금융거래, 투자 및 개발사업, 국제거래, 가업승계, 상속 및 증여 등 고객의 다양한 경제활동 계획, 실행에 대하여 조세절감 효과를 극대화하면서도 조세 Risk를 최소화할 수 있는 사전 Tax plan, 대응방안을 제공하여 급변하는 환경에 가장 적합한 서비스를 제공하고 있습니다.